대한소아혈액종양학회는 소아 혈액질환과 암에 대하여 진료하고 연구하며 이 질환들로 고생하는 환아들의 삶의 질을 높이는데 기여하고자 창립되었다. 1993년 9월 10일 창립총회를 개최 후 동년 12월 28일 대한 의학회로부터 정식으로 학회의 인준을 받게 되었다. 1991년 대한소아혈액종양학연구회로 발족한 후 3년만의 일이었는데 '어린이 새 생명 돕기 사업, '다기관 공동 연구' '소아혈액종양학’ 발간, '10여 회의 학술대회, 등을 성공적으로 수행한 우리 회원들의 단합된 조직력과 활발한 학술활동의 결과라고 본다. 학회 초대 회장은 김길영 교수(연세의대)이었고 94년 4월 학회지 창간호를 발행하였다. 그 동안 이순용(인제대), 이항(한양대), 최용묵(경희대), 안효섭(서울대), 이건수(경북대), 황태주(전남대), 김학기(가톨릭대), 서종진(울산대), 신희영(서울대) 교수가 역대회장으로 학회 발전에 공헌하였다.
2013년부터는 학회의 발전에 맞추어 이사장직을 신설하여, 회장 및 이사장 체제를 갖추게 되었다.
선진 외국에 비추어 볼 때 본 학회의 창립은 늦은 감이 있음에도 불구하고 지난 10여 년간 많은 발전을 거듭해왔다. 소아혈액종양의 연구 및 진료의 역사는 길지만 질환의 특성상 발생에 대한 역학조사도 제대로 이루어져 있지 않았고 치료에 의한 예후도 좋지 않았다. 그동안 학회는 우리나라 소아암에 대한 국가 사회적 연대 의식을 증진시키고 치료에 의한 예후 향상에 크게 기여하여 왔다. 특히 각종 소아암에 대한 항암화학요법 방침을 발전시켰고 조혈모세포이식, 특히 제대혈 이식을 표준 치료방침으로 정착화 시키는데 기여하였다. 작은 회원 규모임에도 불구하고 우리나라 혈액학회 발전에 선도적 역할을 하여왔음 또한 주지의 사실이다. 2002년에는 대한혈액학회와 함께 국제혈액학회를 우리나라에 유치하여 성공적으로 개최하였으며 조혈모세포이식학회와 함께 국제학회 또한 활발히 참여하고 있다. 2002년부터는 일본 소아혈액학회 및 소아암학회와도 해마다 활발한 교류를 하고 공동 심포지엄, 공동연구도 시행하고 있다.
1993. 10 ~ 1995. 10
김길영
(연세의대)
1995. 10 ~ 1997. 10
이순용
(인제의대)
1997. 10 ~ 1999. 10
이항
(한양의대)
1999. 10 ~ 2001. 10
최용묵
(경희의대)
2001. 10 ~ 2003. 10
안효섭
(서울의대)
2003. 10 ~ 2005, 10
이건수
(경북의대)
2005. 10 ~ 2007. 10
황태주
(전남의대)
2007. 10 ~ 2009. 10
김학기
(가톨릭의대)
2009. 10 ~ 2011. 10
서종진
(울산의대)
2011. 10 ~ 2013. 10
신희영
(서울의대)
2013. 10 ~ 2014. 10
이광철
(고려의대)
2014. 10 ~ 2015. 10
박상규
(울산의대)
2015. 10 ~ 2016. 10
박병규
(국립암센터)
2016. 10 ~ 2017. 10
김순기
(인하의대)
2017. 10 ~ 2018. 10
김황민
(연세의대)
2018. 10 ~ 2019. 10
서원석
(순천향의대)
2019. 10 - 2020. 10
임영탁
(부산의대)
2020. 10 - 2021. 10
이영호
(한양의대)
2021. 10 - 2022. 10
박경덕
(전북의대)
2022. 10 - 2023. 10
정혜림
(성균관의대)
2013. 10 ~ 2015. 10
구홍회
(성균관의대)
2015. 10 ~ 2017. 10
유철주
(연세의대)
2017. 10 ~ 2019. 10
유경하
(이화의대)
2019. 10 - 2021. 10
국훈
(전남의대)
2021. 10 - 2023. 10
성기웅
(성균관의대)